地名由來有二說，其一：明鄭時期移民入墾時，嘉南平野上多疏林莽原，矮樹參差，因而命名長短樹，其二：長短樹庄原名「長苑樹庄」，庄名來源尚待探究。初期來自華南的墾民，溯八掌溪而上來到頂長短樹庄開墾，因應聚落日漸擴大，移民增加，逐漸向西南另建新庄，以原聚落在北稱為頂長短樹庄，庄頭擴大後移出的居民在西南側新發展的聚落稱之為下長短樹庄。後壁鄉多數地區於明鄭時期已經有漢人入墾，而長短樹庄亦不例外，開發甚早，據諸羅縣志記載，「康熙三十六年，庄民合築長短樹陂」（周鍾瑄，1958：38）由此可知，長短樹庄在清初時其聚落發展已臻成熟，故能集庄民之力共同築埤以解決農業用水問題。n 頂長短樹庄的居民姓氏以蕭姓為主，居民多來自泉州府安溪縣及晉江縣，庄廟永安堂，主祀清水祖師。此庄在清代屬下茄苳北保長短樹庄，明治四十二年（1909）行政區改制，此時長短樹庄的行政區屬鹽水港支廳菁寮區下所轄的下茄苳北堡長短樹庄，並依保甲制度，頂長短樹庄屬於長短樹第一保，大正九年（1920）行政區改制，此區長短樹庄改為大字，光復後將頂長短樹設為一村，以原庄名的前二字命名為頂長村。