崙腳社區開發於清朝雍正年間，漢族（漳州人、泉州人、客家人）未來開發之前由平埔族所經營，靠著男子打獵梅花鹿及女子耕作維生。社區東邊有一個平埔族遺蹟的沙崙，所以社區以崙腳命名。南雲寺的歷史自從有漢人祖先進來開發之後就興建了，歷史約300多年。新吉宮興建於30年代。兩間公廟是社區居民的信仰中心及活動地點。50年代於社區西邊設置埤頭國中。60年代於社區南邊興建埤頭工業區。