興賢書院原名「文昌祠」，創立於西元1807年(嘉慶12年5月19日)。西元1824年(道光4年)，貢生曾拔萃於文昌祠內設立私塾「興賢社」，彼時文風鼎盛儒人輩出。西元1909年(宣統元年9月22日)，興學先賢決議將「文昌祠」改名為「寺廟興賢書院」。西元1983年，獲准改組「寺廟興賢書院管理委員會」，由員林、埔心、社頭、永靖及大村等五鄉鎮信徒共襄盛舉。西元1985年11月27日經公告為台閩地區第三級古蹟。西元2000年，寺廟興賢書院於1999年九二一地震中幾近全毀後，動工重建保存原貌重現世人眼前，並於西元2005年4月15日舉行大殿重建歸軸上樑大典，同年11月12日舉行入火安座慶成大典。西元2008年9月10日完成第六屆管理委員會交接。